2048, Doug Quaid rêve chaque nuit qu’il est sur la planète Mars à la recherche de la belle Melina. Sa femme, Lori, s’efforce de dissiper ce fantasme. Doug va bientôt s’apercevoir que son rêve était artificiel et que sa femme est une espionne chargée de veiller à son reconditionnement...
Winston Connelly se réveille en pleine nuit dans une ruelle sans aucun souvenir apparent. Grâce à des flashbacks, il va essayer de retrouver le fil des évenements et d'arriver à savoir pourquoi il est à Los Angeles et comment il est arrivé là ...
La force d'action héroïque G.I. Joe doit s'opposer à l'organisation de l'impitoyable Cobra qui s'est alliée secrètement avec un peuple reptile souterrain qui était ses fondateurs.