Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de leur organisation.
Des explorateurs se rendent sur une île indonésienne dans le but de mettre la main sur un trésor. Sur place, ils sont contraints de se cacher dans une mine abandonnée du fait d'une attaque d'un groupe armé. Mais le pire est à venir, puisque des créatures radioactives peuplent cette mine...
