Lorsqu'elles sont accidentellement transportées à l'ère jurassique, les Tortues Ninja doivent se frayer un chemin à travers les dinosaures préhistoriques pour rentrer chez elles, tout en affrontant de dangereux extraterrestres venus du futur qui ont un plan infâme pour elles. Mais les choses...
Avec l'aide d'un ami de la famille, Erik (Brad Rowe), 23 ans, obtient une bourse d'études dans une école de type Ivy League appelée Stonebrook. Son camarade de dortoir (Seth Green) est un hacker ringard nommé Cornelius.