Les trois enfants de Sam Douglas, agent du FBI, sont kidnappés par le redoutable Hugo Snyder, notoire trafiquant d'armes. Mais c'est sans compter sur les ressources des jeunes gens, initiés par leur grand-père a l'art guerrier des Ninjas.
Le succès sourit à Dan Millman, un athlète talentueux, riche et courtisé par la gente féminine. Mais cette année, le challenge est de taille, Dan compte bien remporter la médaille Olympique. Un jour, il rencontre un étranger à une station service qui dit avoir le pouvoir de le rendre plus...
Les 3 "Ninjas Kids", Rocky, Colt et Tum Tum, sont sollicites par le frere de leur grand-pere Mori qui doit ramener au Japon une dague d'apparat, cle d'une cache d'or secrete dont une bande de hard-rockers dejantes veut s'emparer. Pourront-ils mener a bien cette mission et revenir a temps disputer...