Zatôichi retourne dans son village natal, avec sa femme pour y mener une vie paisible. Seulement voilà, Zatôichi sera bientôt forcé de reprendre le sabre…
L'histoire tourne autour de la famille de Ryota Hironaga, dont les parents ont divorcé presque aussi longtemps qu'il s'en souvienne. En conséquence, il a été élevé par une mère célibataire. Il en résulta une place vide à la table du dîner que son frère et sa sœur cherchent à occuper...
Lors d'un attentat suicide dans un aéroport, la grenade de "M", l'un des trois terroristes, fonctionne mal et il est capturé. Exposé à des mauvais traitements en prison, il perd peu à peu pied avec la réalité alors qu'il est contraint de faire face à ses convictions idéologiques.
