Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée...
Ryōko Itakura revient en tant qu’agent fiscal du gouvernement coriace. Cette fois, elle doit trouver un moyen d’exposer un culte religieux fanatique dirigé par un sociopathe corrompu.
Kazuo et Kazumi, 15 ans environ, font une chute dans un temple d'une petite ville côtière du Japon. Suite à une intervention surnaturelle, leurs âmes et corps sont échangés, leur permettant de découvrir ce qu'est être du sexe opposé à l'adolescence.
