Le film raconte l'histoire de Shun, un jeune duelliste amateur qui, par hasard, va un jour se retrouver en possession du Dragon Noir aux Yeux Rouges. La carte étant très rare, Seto Kaiba cherche à s'en emparer, mais Yugi se trouve, une fois encore, sur son chemin.
Yûgi, un jeune garçon, est fasciné par un jeu de cartes en vogue dans le pays. Ce jeu renferme de mystérieuses énergies antiques qui peuvent changer le cours de l'Histoire. Une force maléfique, enfouie depuis des millénaires dans les sables d’Égypte, vient de se réveiller. Autrefois...
Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le...
