Alors qu’ils rentrent chez eux, Mark, et son fils Trent, sont confrontés à une étrange lumière dans le ciel qui semble aspirer la population vers un vaisseau alien géant. Face à l’invasion, la résistance humaine s’organise…
Le film alterne les souvenirs de Yoshihiro Tatsumi, qui évoque ses débuts et sa progression, et des histoires indépendantes, adaptées de ses œuvres : à Hiroshima après le bombardement atomique, un photographe prend un cliché qui deviendra un symbole poignant plus tard ; un ouvrier...
Un mariage d'histoires construites autour des thèmes de l'amour, de l'espoir et du destin. Les personnages de Be with me mènent des vies séparées, mais sont liés par un même désir : vivre auprès de l'être aimé.